히파티아는 영화 <아고라>에서 원형콘텐츠의 모습 그대로 지혜롭고, 주체적인 여성인물로 형상화된다. 그녀는 영화에서 고루하고 독선적이며, 탐욕적이고 정치적인 남성 종교지도자와 정치인들에게 배척당하고 희생당한다. 히파티아는 미모와 지성을 겸비한 매우 재능 있는 수학자이자 천문학자로서, 이교도와 기독교도 사이에서 벌어진 싸움 중에 학문의 보고인 알렉산드리아 도서관을 지키고자 고군분투한다. 이 싸움의 승리로 세력을 확장시킨 기독교의 키릴주교는 이집트의 알렉산드리아를 기독교화 시킨다. 히파티아는 집에 칩거하며 천문학에 대한 자신의 연구를 계속한다. 그녀를 사랑하는 그녀의 옛 제자 오레스테스는 알렉산드리아의 총독으로 부임하여 히파티아의 연구를 지원하며, 그녀에게서 여러 가지 조언을 듣는다. 키릴주교는 오레스테스를 정치적으로 굴복시키려고 히파티아의 개종을 요구한다. 그러나 히파티아는 철학이 나의 신이라고 말하면서 거부한다. 주교는 히파티아를 아교도의 괴수라고 칭하며 마녀몰이를 한다. 히파티아는 주교의 호위대 역할을 하던 기독청년단에 의해 납치되어 성전에서 옷이 찢기고 죽을 위기에 처한다. 이 청년단에는 히파티아의 노예였다가 자유의 몸이 된 다보스가 속해있었는데, 그는 히파티아를 마음 속 깊이 흠모하며 존경하고 있었다. 다보스는 동료들이 히파티아를 죽일 돌을 찾으러 갔을 때, 그녀를 조용히 목 졸라 죽인다. 히파티아는 평화로운 죽음을 맞이한다.