영화 속에서 마리아 막달레나는 예수의 아내로서 예수의 혈통을 낳고 교회를 이끌 인물로 변용된다. 마리아 막달레나는 창녀출신이 아닌 상 레알 왕족의 혈통을 가진 메로빙거 왕조에 속한 여자이다. 그녀는 예수의 배우자로서 예수가 십자가상에서 처형당할 때에 예수의 혈통을 임신한 상태이다. 예수는 베드로가 아니라 마리아 막달레나에게 교회를 맡긴다. 그녀는 예수가 죽은 후 프랑스로 건너가 딸 ‘새라’를 낳고 숨어 지낸다. 마리아는 직접 복음서를 기록하기도 한다. 예수의 신성을 주장하는 가톨릭 교회는 이 사실을 은폐하려 하고, 마리아 막달레나는 템플 기사단의 보호를 받으며 살다가 죽는다. 이후 예수의 살아있는 후손들을 보호하려는 시온 수도회와 인간 예수를 은폐하고 여성을 혐오하는 가톨릭 세력인 오프스 데이 간의 오랜 싸움이 이어진다. 이들이 찾는 하나님 권능의 원천인 성배는 실은 여성을 상징하는 것으로 마리아 막달레나가 바로 그 성배 자체임이 드러난다. 영화에서 마리아 막달레나의 최후의 후손은 기호학자 소피 느뵈로서 마찬가지로 기호학자인 랭던 교수와 역사학자이자 시온 수도회원인 티빙교수와 함께 이 비밀을 풀어나간다. 이 비밀은 특히 시온 수도회원이었던 레오나르도 다 빈치의 <최후의 만찬> 그림에서 암호화 되어 있다.