뮤지컬은 오스트리아의 황후 엘리자벳을 화려한 삶을 살지만 불행한 비극적 여성으로 그린다. 엘리자벳은 의무로 가득 찬 왕실에서의 삶을 힘들어하며 자신의 삶을 갈구한다. 엘리자벳의 암살범으로 재판을 받고 있는 루케니는 판사에게 엘리자벳이 스스로 죽기를 원했으며 일생동안 죽음을 사랑했다고 말한다. 루케니는 증인을 세우기 위해 죽은 자들을 다시 깨우며 엘리자벳의 과거 이야기를 시작한다. 바이에른 막시밀리언 공작의 딸 엘리자벳은 장난을 치다가 나무에서 떨어지면서 처음으로 죽음을 만난다. 죽음은 그녀를 살려 두지만 그때부터 엘리자벳은 죽음에 매혹 당한다. 엘리자벳은 사촌 오빠인 오스트리아의 황제 프란츠 요제프와 사랑에 빠지고, 요세프의 황후가 되어 쇤브룬 궁에서 살게 된다. 엄격한 황실 생활과 엘리자벳의 자유로운 삶의 방식은 계속 갈등을 일으킨다. 시어머니 소피가 엘리자벳을 더욱 옭아매려 하자 죽음은 자신만이 진정한 자유를 줄 수 있다며 엘리자벳을 유혹한다. 빈 상류사회의 억압 속에서 엘리자벳은 실의에 빠지지만 곧 자기 삶의 주체성을 찾겠다고 결심하며 정치적인 영향력을 발휘하기 시작한다. 엘리자벳의 정치적 영향력이 커지자 소피는 요제프가 바람을 피운 것처럼 계략을 꾸민다. 남편의 외도는 엘리자벳에게 다시 절망을 안겨준다. 엘리자벳은 요양을 핑계로 비인을 떠나 세상을 떠돌며 살아간다. 엘리자벳이 고통을 겪을 때마다 죽음이 그녀 곁으로 다가와 자신만이 자유를 줄 수 있다며 유혹한다. 자유주의 사상을 신봉하는 엘리자벳의 아들 루돌프 황태자는 정치적인 문제로 아버지 프란츠 요제프와 사사건건 충돌한다. 루돌프는 엘리자벳에게 아버지와의 문제를 해결할 수 있도록 중재를 요청하지만, 엘리자벳은 이를 외면한다. 절망에 빠진 루돌프 황태자는 권총자살을 한다. 루돌프의 죽음으로 모든 것을 잃은 엘리자벳은 자신이 곧 사라질 구세대의 마지막 황후라는 것을 인식한다. 엘리자벳은 잠시도 쉬지 않고 유럽을 떠돈다. 엘리자벳은 요양 차 들린 제네바에서 무정부주의자 루이지 루케니에 의해 암살당한다. 황후를 품에 안은 죽음은 환희를 느끼고 죽음의 품에 안긴 엘리자벳은 비로소 진정한 안식을 찾는다.