애니메이션에서 리리스(원형콘텐츠의 릴리스)는 태고적부터 존재해온 인류의 생명의 기원으로 변용되는 한 편 동시에 인류에게 이용당하는 존재이다. 그녀는 원형콘텐츠와 달리 인간의 외양이 아니며 특정 성별도 아니다. 수십억 년 전 리리스의 체액인 LCL(Link Connect Liquid)은 바다로 흘러 들어가서 생명의 흐름이 생기게 되고 인류가 탄생한다. 즉 리리스는 인류의 조상이지만 인격이 없으며 수백 미터 크기의 하얀색 살덩어리의 모습으로 그려진다. 아담과 리리스는 지구에 출몰하는 수수께끼의 생명체인 열여덟 사도들 중 제 1, 2사도로 불린다. 그 외에도 성서 외경 ‘에녹 서’에 나오는 천사의 이름에서 유래하는 총 18명의 사도(사키엘, 샴셀, 라미엘 등)가 존재한다. 애니메이션에서 리리스는 아담과 리리스는 대등한 두 생명의 기원으로 인식될 뿐 둘의 관계는 밝혀지지 않는다는 점도 원형콘텐츠와의 차이다. 애니메이션은 2015년도 허구의 일본 동경시를 배경으로 하는데, 배후의 정치군사 권력인 ‘제레(SEELE)’가 세계를 지배하며 이들이 우연히 거대한 알과 같은 형태로 있는 아담과 리리스를 발견한다. 이들은 아담이나 릴리스가 다른 사도와 조우할 때 인류가 멸망한다는 사해문서 외전의 예언서를 찾게 된다. 이에 사도가 리리스를 찾으러 올 것에 대비하여 도쿄시를 요새화한다. 지하에는 특무기관 \"네르프(NERV)\"를 세우고 사도에 대항하기 위해 아담의 유전자와 리리스의 신체를 복제 및 이용하여 생체병기 인조인간 에반게리온 시리즈를 제작한다. 그 중 테스트 타입 모델인 초호기(初號器)는 리리스의 신체를 바탕으로 제작되며 초호기는 리리스의 분신으로 불린다. 그 때문에 리리스의 몸은 하반신이 없는 채로, 네르프 지하에 십자가에 못 박혀 가두어져있다. 제레는 그녀의 몸에서 흐르는 LCL용액을 이용하여 연구에 쓰기도 하는 등 리리스는 이용당하는 존재다. 그럼에도 그녀는 아무런 움직임 없이 인간에게 자신을 내어준다. 이 작품은 서기 2015년의 일본, 사도들은 리리스를 목표로 도쿄를 습격하고 이들과 싸우는 네르프와 에반게리온 파일럿 소년 소녀들의 이야기를 담는다. 여기서 리리스는 스스로 행동하고 성격이 있는 캐릭터라기보다 인간을 드러내보이게 해주는 추상적, 상징적 존재다.