엄지공주는 튤립 꽃봉오리 속에서 태어난 엄지손가락만한 여자아이이다. 아기를 간절히 원하던 아주머니는 마녀를 찾아가는데, 마녀가 건넨 씨앗을 심자 튤립이 자라난다. 그리고 그 꽃봉오리 속에서 엄지공주가 있었고, 아주머니는 정성으로 그녀를 키운다. 그러나 어느 날 밤 엄지공주가 잠자는 동안 두꺼비가 그녀를 자신의 아들과 결혼시키기 위해 납치한다. 아들 두꺼비와 결혼을 앞둔 엄지공주를 불쌍히 여긴 물고기들은 그녀가 있는 수련 잎줄기를 끊어 엄지공주를 자유롭게 해준다. 엄지공주는 모험 끝에 들쥐를 만나게 되고 그녀가 권하는 신랑감인 두더지와 억지로 결혼하게 된다. 엄지공주는 두더지의 집으로 가는 길에서 얼어 죽을 뻔한 제비를 구해주는데, 제비는 그녀가 두더지와 결혼하기 직전 그녀를 등에 태우고 따뜻한 나라로 간다. 그곳에서 엄지 공주는 자신처럼 작은 남자인 꽃의 왕을 만나고 그의 청혼을 받아들여 결혼한다.