부유한 농가의 외동딸인 미모의 엠마는 수도원 기숙학교를 다닐 때 몰래 읽었던 낭만적인 소설의 영향으로 도회지에서의 낭만적이고 화려한 사랑과 삶을 꿈꾼다. 수동적인 삶을 살다가 홀아비가 된 몰취미한 의사 샤를르 보바리가 청혼하자 엠마는 도회지에서의 낭만적인 결혼생활을 꿈꾸며 이를 수락한다. 하지만 곧이어 무료하고 평범한 결혼생활의 현실에 환멸을 느껴 권태와 절망에 빠진다. 어느 귀족 파티 초대는 엠마 속에 잠재된 욕망과 환상의 도화선이 된다. 결국 새로 이사 간 용빌에서 엠마는 두 명의 정부를 갖게 되고 탈선의 길로 들어선다. 엠마는 용빌에서 알게 된 젊은 시인 레옹과 애틋한 감정의 교감을 갖지만 레옹이 떠나면서 관계는 더 이상 진전되지 못한다. 그 후 바람둥이 로돌프에게 매료된 엠마는 그와의 위험한 밀회를 감행하다가 급기야 남편과 아이를 버리고 로돌프와 떠나기로 결심하지만 마지막 순간에 로돌프로부터 버림받는다. 이 충격으로 엠마는 심한 우울증을 앓지만, 우연히 다시 만나게 된 레옹과 본격적인 연애와 정사를 벌이면서 현실을 잊는다. 교활한 사채업자 뢰르는 엠마의 허영과 갈망을 간파하고 이를 이용해 엠마로 하여금 빚을 지면서까지 비싼 옷과 사치품을 사들이도록 부추긴다. 결국 엠마는 감당할 수 없을 정도의 빚을 지게 되고 로돌프와 레옹에게 도움을 구하지만 모두에게 거절당한다. 절망한 엠마는 독약을 마시고, 최후의 고통스러운 시간을 보낸 후 숨진다. 샤를르는 뒤늦게야 엠마가 정부들과 주고받은 편지를 발견하지만 모든 것을 운명 탓으로 돌리고는 몇 주 지나 그도 죽는다.